Parece que encontrei a resposta em uma discussão de problemas do github.
A solução para mim foi:
User.elem_match(activities: { type: "redemption" }).elem_match(activities: { uuid: uuid }).update("$set" => {"activities.$.submitted" => true })
User.elem_match(activities: { type: "redemption" }).elem_match(activities: { uuid: uuid }).update("$set" => {"activities.$.submitted" => true })
