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Ignorar e Limitar para paginação para um agregado Mongo


Seu problema não é com o skip() e limit(); que está funcionando bem. O problema é com sua lógica geral; você está iterando todas as 39 coleções no primeiro loop e, em seguida, anexando cada resultado da agregação a cursor_list .

Não consigo descobrir a lógica do que você está tentando fazer, pois o primeiro exemplo está procurando em uma coleção de palavras e o segundo está procurando em todas as coleções por um campo de palavras; com isso dito, você provavelmente pode simplificar sua abordagem para algo como:
offset = 0
per_page = 10
collections = db.list_collection_names()
#
# Add some logic on the collections array to filter what is needed 
#
print(collections[offset:offset+per_page])

EDITAR para refletir comentários. Exemplo completo de uma função para realizar isso. Não há necessidade de uma consulta de agregação - isso adiciona complexidade.
from pymongo import MongoClient
from random import randint

db = MongoClient()['testdatabase1']

# Set up some data
for i in range(39):
    coll_name = f'collection{i}'
    db[coll_name].delete_many({}) # Be careful; testing only; this deletes your data
    for k in range (randint(0, 2)):
        db[coll_name].insert_one({'word': '123456'})

# Main function
def test(offset, per_page, word_to_find):
    found = []
    collections = db.list_collection_names()
    for collection in sorted(collections):
        if db[collection].find_one({word_to_find: { '$exists': True}}) is not None:
            found.append(collection)

    print(found[offset:offset+per_page])

test(offset=0, per_page=10, word_to_find='word')