O MongoDB ainda não tem capacidade para replicação seletiva.

Sinta-se à vontade para abrir um JIRA:https://jira.mongodb.org/secure/Dashboard. jspa provavelmente já existe um, mas uma pesquisa no Google por mim não pode trazê-lo.

Claro, uma opção aqui, para acelerar as coisas, é realmente copiar fisicamente os dados de um local para outro sem esperar que a replicação do MongoDBs seja realizada.

Como @Stennie menciona, este é realmente o JIRA para replicação seletiva:https://jira.mongodb .org/browse/SERVER-1559