Isso se deve à linguagem de consulta e como ela analisa os objetos, o objeto que você está tentando usar se parece com isso:
{ key: { query1, query2 }}
Onde
query1 é $geoIntersects e query2 é $not que não é uma estrutura válida, o que você pode fazer é envolver os dois com um $e
consulta assim:{
$and: [
{
"footprint": {
"$geoIntersects": {
"$geometry": {
"type": "Polygon",
"coordinates": [
[
[
41.62109375000001,
38.087716380862716
],
[
41.870727539062514,
37.998201197578084
],
[
41.72393798828124,
38.01268326428104
],
[
41.62109375000001,
38.087716380862716
]
]
]
}
}
}
},
{
footprint: {
"$not": {
"$geoWithin": {
"$geometry": {
"type": "Polygon",
"coordinates": [
[
[
41.62109375000001,
38.087716380862716
],
[
41.870727539062514,
37.998201197578084
],
[
41.72393798828124,
38.01268326428104
],
[
41.62109375000001,
38.087716380862716
]
]
]
}
}
}
}
}
]
}
