como atualizar o objeto aninhado do documento mangusto apenas para as chaves fornecidas

Como a maioria das respostas sugere, você deve usar o notação de ponto para atualizar documentos incorporados e responder à sua pergunta acima, use o seguinte método auxiliar que aplica recursão para converter um determinado objeto em sua representação de notação de ponto:

function convertToDotNotation(obj, newObj={}, prefix="") {

  for(let key in obj) {
      if (typeof obj[key] === "object") {
          convertToDotNotation(obj[key], newObj, prefix + key + ".");
      } else {
          newObj[prefix + key] = obj[key];
      }
  }

  return newObj;
}


let params = {
   address: {
      city: {
         location: {
            street: "new street"
         }
      }  
   }
};

const dotNotated = convertToDotNotation(params);
console.log(JSON.stringify(dotNotated, null, 4));