quando você já tem o usuário, você pode fazer algo assim:
var listing = req.user.userListings.id(req.params.listingId);
listing.isRead = args.isRead;
listing.isFavorite = args.isFavorite;
listing.isArchived = args.isArchived;
req.user.save(function (err) {
// ...
});
conforme encontrado aqui:http://mongoosejs.com/docs/subdocs.html
* * aviso * *
como @zach apontou, você precisa declarar o esquema do subdocumento antes do esquema do documento real para poder usar o
id() método. 
