No seu cenário, você deve ter um index.

Índices

Os índices suportam a execução eficiente de consultas no MongoDB. Sem índices, o MongoDB deve realizar uma varredura de coleção, ou seja, varrer todos os documentos em uma coleção, para selecionar os documentos que correspondem à instrução de consulta.

ATUALIZAÇÃO:

a pergunta feita agora é diferente. É collection.find({}).count() mais rápido que collection.count() ?

De acordo com a documentação do MongoDB:

db.collection.count()

count() é equivalente à construção db.collection.find(query).count().