Como alterar todos os elementos da matriz em um documento mongodb para um determinado valor?

A melhor maneira de fazer isso é combinar o elemento array e atualizar individualmente com o posicional $ operador usando o Bulk() API. Você realmente não deveria estourar seu qty variedade.

var bulk = db.mycollection.initializeOrderedBulkOp(),   
    count = 0;

db.mycollection.find({ "code" : "efg" }).forEach(function(doc){ 
    var qty = doc["qty"]; 
    for (var idx = 0; idx < qty.length; idx++){ 
        bulk.find({ 
            "_id": doc._id, 
            "qty": { "$elemMatch": { "num": qty[idx]["num"]}}
        }).update({ "$set": { "qty.$.num": 0 }})
    }     
    count++;  
    if (count % 200 == 0) { 
        // Execute per 200 operations and re-init.
        bulk.execute(); 
        bulk = db.mycollection.initializeOrderedBulkOp(); 
    } 
})

// Clean up queues
if (count % 200 != 0)
    bulk.execute();