Há duas coisas que você pode fazer para ajudar:

• 
  Quando os usuários estiverem adicionando um nome de empresa, dê a eles uma caixa de preenchimento automático para que eles recebam sugestões, se já existirem. Como alternativa, sugira um existente, como o stackoverflow faz quando você adiciona uma pergunta.
  
• 
  Use uma ferramenta de pesquisa ao consultar o banco de dados para que você possa resumir todas as variações. Você pode encontrar gemas de pesquisa aqui https://www.ruby-toolbox.com/categories/rails_search
  

Não acho que "normalizá-los" após o fato seja fácil nem preciso.