O problema é que você está usando dois FROM instruções, que são chamadas de compilação em vários estágios . A imagem final será baseada no node imagem que não contém o mongo base de dados.

* Editar *

aqui estão mais detalhes sobre o que está acontecendo:

• a imagem base é mongo:latest

• agora a imagem base é node:latest . A imagem anterior está ali parada...

• agora você executa mongod e os outros comandos em sua imagem final que é baseada em node (que não contém mongo)