Ainda parece não haver uma maneira nativa de calcular percentis, mas combinando alguns operadores agregados, você pode obter o mesmo resultado.
db.items.aggregate([
{'$group': {
'_id': {
'league': '$league',
'base': '$base',
'type': '$type'
},
'value': {'$push': '$chaosequiv'}
}},
{'$unwind': '$value'},
{'$sort': {'value': 1}},
{'$group': {'_id': '$_id', 'value': {'$push': '$value'}}},
{'$project': {
'_id': 1,
'value': {'$arrayElemAt': ['$value', {'$floor': {'$multiply': [0.25, {'$size': '$value'}]}}]}
}}
], allowDiskUse=True)
Note que eu escrevi meu código original em pymongo para um problema que precisava agrupar em 3 campos no primeiro grupo, então isso pode ser mais complexo do que o necessário para um único campo. Eu escreveria uma solução específica para essa pergunta, mas não acho que haja informações específicas suficientes.