Eu tinha exatamente o mesmo problema. Parece que é um novo.

Aqui está minha string de conexão que agora funciona

mongoose.connect('mongodb://NOME DE USUÁRIO :SENHA @meuShard -shard-00-00-lbofd.mongodb.net:27017,meuShard -shard-00-01-lbofd.mongodb.net:27017,meuShard -shard-00-02-lbofd.mongodb.net:27017/MYDBNAME ?ssl=true&replicaSet=myShard -shard-0&authSource=admin');

Para criar um novo banco de dados, usei o MongoDB Compass. Copie a string de conexão do site Atlas (a mais longa - 3.4, acredito), quando você abrir o mongodb compass, ele reconhecerá que há uma string de conexão em sua área de transferência (OSX) e permitirá que você preencha a conexão para Compass com um clique simples. Você pode criar um novo banco de dados a partir daí (Clique em MyCluster no canto superior esquerdo - depois em Create Database. Coloque o nome do novo banco de dados em negrito MYDBNAME na minha string de conexão.

Demorou algumas atualizações para ver novos dados.

Eu tinha a mesma string de conexão que você (nome do banco de dados / fragmento diferente, etc.) - consegui POST, mas não GET. POSTS não criou erro (mas não consegui encontrar os dados que postei) e GET lançou o mesmo erro que você obteve.