Você pode configurar os parâmetros de conexão por uri.

spring.data.mongodb.uri=mongodb://localhost:27017/?connectTimeoutMS=300000&minPoolSize=0&maxPoolSize=10&maxIdleTimeMS=900000

Consulte a documentação a seguir para outros parâmetros.

https://docs.mongodb.com/manual/ reference/connection-string/#connections-connection-options