O MongoEngine envolve o PyMongo, que desativou o "salvar" no PyMongo 3.0:

http://api.mongodb.com/python/current/changelog .html#collection-changes

O MongoEngine pode precisar descontinuar seu método save ou suprimir o aviso de descontinuação ou talvez alguma outra correção para lidar com essa alteração do PyMongo. Eu recomendo que você pesquise no rastreador de bugs do MongoEngine e relate esse problema, caso ainda não tenha sido.

Bug do MongoEngine - https://github.com/MongoEngine/mongoengine/issues/1491