Seu módulo espera um
passport objeto module.exports = function(passport){
mas você não está chamando com um objeto de passaporte em app.js
var routes = require('./routes/index');
Além disso, você precisará definir o passaporte antes de chamar o módulo de rotas. Então, no final, você precisará modificar seu app.js para ficar assim:
var passport = require('passport');
var expressSession = require('express-session');
app.use(expressSession({secret: 'mySecretKey'}));
app.use(passport.initialize());
app.use(passport.session());
...
var routes = require('./routes/index')(passport);
...
app.use('/', routes);
