Se você estiver usando a versão mais recente do mongo, poderá usar $replaceRoot e $mergeObjects (referência de resposta do stackoverflow )
let pipeline = [
{
"$replaceRoot":{
"newRoot":{
"$mergeObjects":[
{
"id":"$id"
},
"$properties"
]
}
}
}
]
db.collection.aggregate(pipeline)