atualização do mangusto:$ inc não está funcionando no upsert

Você não pode aumentar um valor quando ele não existe (ainda). Você pode usar $setOnInsert para definir user_count para 1 ao inserir o documento. Aqui estão os documentos para $setOnInsert .

Sua consulta ficará assim:

var Appuser = new Appusers({
    imei: req.body.imei,
    install_flag : 1
});

Appusers
    .update({
        imei: Appuser.imei
    }, {
        $set: upsertData,
        $setOnInsert: {
            user_count: 1
        },
        $inc: {
            user_count:1
        }
    }, {
        upsert: true
    }, function(err, data) {
        if(err) return console.log(err);
        res.send(data);
    });