Eu não estou familiarizado com o MongoDB especificamente. Em geral, abrir uma conexão com um banco de dados é uma operação relativamente lenta e consome recursos do sistema. Se isso é suficiente para importar no seu caso, não posso dizer.

Ter um banco de dados diferente para cada usuário dificultaria a execução de consultas que acessam dados de vários usuários. Talvez você não precise fazer isso.

Ainda assim, eu acho que seria muito mais simples, em geral, apenas colocar um ID de usuário em cada registro, em vez de criar um banco de dados separado. Qual é o ganho de bancos de dados separados? Ok, deletar um usuário significa dizer "soltar banco de dados". Mas excluir um usuário de um único banco de dados deve significar "excluir da tabelaX onde usuário=?; excluir da tabelaY onde usuário=?" etc para quantas tabelas relevantes você tiver. Eu não posso imaginar que são centenas, certo? Talvez meia dúzia de linhas de código ou algo assim?