mongo conta linhas de uma matriz de dados fornecidos

• Primeiro use $match para obter apenas documentos cujo subLevel.id é 1 ou 2.
• Então, como você fez, $group pelo id e soma para obter a contagem total:

db.collection.aggregate([
  {
    "$match": { "subLevel.id": { "$in": [ 1, 2 ] } }
  },
  {
    "$group": { "_id": "$subLevel.id", "count": { "$sum": 1 } }
  }
])