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Usando o driver mongo C #, como serializar uma matriz de objeto personalizado para armazená-lo?


Infelizmente eu tive o mesmo problema e acabei fazendo um método de extensão para me ajudar a contornar isso. 
    public static BsonArray ToBsonDocumentArray(this IEnumerable list)
    {
        var array = new BsonArray();
        foreach (var item in list)
        {
            array.Add(item.ToBson());
        }
        return array;
    }

então você deve ser capaz de fazer:
productCollection.Update(query, Update.Set("store", storeList.ToBsonDocumentArray()));