A partir do MongoDB 3.2 em diante, a resposta aceita não funcionará mais, pois as coleções do sistema não são mais expostas.
Em vez disso, você tem um hash de comando para esta operação. Isso funciona para mim:
db.command({currentOp:1})
.then( result => {
if( result && result.inprog ) {
result.inprog.forEach( item =>
{
if( // some condition
) {
db.command( {killOp: 1, op: item.opid} );
}
});
}
} )
.catch( err => {
// don't forget to handle errors.
); } );