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Quais são as desvantagens de armazenar Guid como String no MongoDB?


Além da resposta de gregor, o uso de Guids atualmente impedirá o uso do novo Aggregation Framework, pois é representado como um tipo binário. Independentemente disso, você pode fazer o que deseja de uma maneira mais fácil. Isso permitirá que a biblioteca mongodb bson lide com as conversões para você. 
public class MyClass
{
  [BsonRepresentation(BsonType.String)]
  public Guid Id { get; set;}
}