Você precisará usar aspas duplas para conter a string de consulta (e aspas simples ou duas aspas para escapar dentro da string)
--query "{'recent':'yes'}"
Completo:
mongoexport --host foo.com --port 27017 --username bar -p
--db foo --csv --fields col1,col2,col3
--collection bar --out dump_q.csv --query "{'recent':'yes'}"
