Usando o driver nativo, posso executar um comando fora do objeto db da seguinte maneira:
var MongoClient = require("mongodb").MongoClient;
MongoClient.connect(database, function (err, db) {
if (!err) {
db.command({ distinct: "Messages", key: "session" }, function (err, result) {
//more code here
});
}
});
Percebi que você está executando o comando fora do objeto de coleção, esse pode ser o problema.