MongoDB
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MongoDB e MongoJS - não é possível que o runCommand funcione para consultas de texto


Usando o driver nativo, posso executar um comando fora do objeto db da seguinte maneira:
var MongoClient = require("mongodb").MongoClient;
MongoClient.connect(database, function (err, db) {
    if (!err) {
        db.command({ distinct: "Messages", key: "session" }, function (err, result) {
            //more code here
        });
    }
});

Percebi que você está executando o comando fora do objeto de coleção, esse pode ser o problema.