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mongodb puxa todos os elementos do array


Não é assim que $pullAll funciona. Você não pode especificar uma condição de correspondência, você só pode especificar uma matriz de objetos a serem excluídos (que precisam corresponder exatamente).

Felizmente, você pode usar $pull (que aceita uma condição de correspondência):
db.coll.update({
'_id': 1
},{
 $pull : {
  n.d : {
     $lte : new Date(2000, 10, 11)
   }
 }
})

Observe que $pull também puxa todos elementos que combinam, não apenas um.

Isso é reconhecidamente um pouco confuso .