O Meteor 1.1 veio com suporte ao MongoDB até a versão 3 e você deveria poder usar o Meteor em produção junto com um banco de dados MongoDB 3.0 sem grandes problemas.

No entanto, eles decidiram manter a ramificação 2.6 em relação à versão do Mongo fornecida com a ferramenta Meteor e esperar até que o Mongo 3.0 esteja maduro o suficiente antes de incluí-lo nos lançamentos oficiais do Meteor.

Isso significa que o Meteor atualiza sua versão da ferramenta interna MongoDB automaticamente, mas em seu próprio ritmo.

O ambiente Mongo local fornecido com a ferramenta de desenvolvimento Meteor é algo diferente da implantação real do Mongo que você costuma usar na produção, e não é necessário que as duas versões sejam as mesmas.