Abra seu arquivo de configuração no VIM ou em um editor de texto simples, chegou a esta linha:

storage: dbPath: THE_PATH_TO_THE_DIRECTORY_YOU_STORE_YOUR_DB

por exemplo:

/var/mongodb/db/mydb

Vá para o seu terminal para confirmar se o caminho em dbPath existe, digite:

ls THE_PATH_TO_THE_DIRECTORY_YOU_STORE_YOUR_DB

por exemplo para o meu caso aqui:

ls /var/mongodb/db/mydb

Se o resultado for que o diretório não existe, basta recriá-lo:

mkdir -p THE_PATH_TO_THE_DIRECTORY_YOU_STORE_YOUR_DB

por exemplo:

mkdir -p /var/mongodb/db/mydb

Se você descobriu que o diretório existe, ele foi corrompido durante o desligamento, conforme destacado na resposta acima.

Acesse seu terminal e execute o seguinte comando:

mongod --dbpath /data/db --repair

Consulte o acima a partir dos Documentos oficiais do Mongo DB