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Problemas com @Qualifier


Tente isto:
public class MongoDbConfig {
    @Bean(name = {"sourceTemplate", "mongoTemplate"})
    public MongoTemplate getSourceTemplate() {
        MongoTemplate mt = new MongoTemplate(getMongoDbFactory(sourceServers, sourceDatabaseName));
        return mt;
    }

    @Bean(name="destinationTemplate")
    public MongoTemplate getDestinationTemplate() {
        MongoTemplate mt = new MongoTemplate(getMongoDbFactory(destinationServers, destinationDatabaseName));
        return mt;
    }
}

public class SourceDaoImpl implements SourceDao {
    @Autowired
    @Qualifier("sourceTemplate")
    private MongoOperations mongoOps;
}


public class DestinationDaoImpl implements DestinationDao {
    @Autowired
    @Qualifier("destinationTemplate")
    private MongoOperations mongoOps;
}

Atualizado


Na verdade o método:
@Bean
    @ConditionalOnMissingBean
    public GridFsTemplate gridFsTemplate(MongoDbFactory mongoDbFactory,
            MongoTemplate mongoTemplate) {
        return new GridFsTemplate(
                new GridFsMongoDbFactory(mongoDbFactory, this.properties),
                mongoTemplate.getConverter());
    }

em MongoDataAutoConfiguration requer um bean do MongoTemplate de nome "mongoTemplate", que não pode ser encontrado, em vez disso você definiu seus próprios 2 outros beans "sourceTemplate" e "destinationTemplate".

Acho que isso vai resolver seu problema!