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Express Mongoose Model.find() retorna indefinido


Isso parece correto, mas você está esquecendo o comportamento assíncrono do Javascript :). Quando você codifica isso:
module.exports.getAllTasks = function(){
        Task.find().lean().exec(function (err, docs) {
        console.log(docs); // returns json
    });
}

Você pode ver a resposta json porque está usando um console.log instrução DENTRO do retorno de chamada (a função anônima que você passa para .exec()) No entanto, quando você digita:
app.get('/get-all-tasks',function(req,res){
    res.setHeader('Content-Type', 'application/json');
    console.log(Task.getAllTasks()); //<-- You won't see any data returned
    res.json({msg:"Hej, this is a test"}); // returns object
});

Console.log irá executar getAllTasks() função que não retorna nada (indefinido) porque o que realmente retorna os dados que você quer está DENTRO do callback...

Então, para que funcione, você precisará de algo assim:
module.exports.getAllTasks = function(callback){ // we will pass a function :)
        Task.find().lean().exec(function (err, docs) {
        console.log(docs); // returns json
        callback(docs); // <-- call the function passed as parameter
    });
}

E podemos escrever:
app.get('/get-all-tasks',function(req,res){
    res.setHeader('Content-Type', 'application/json');
    Task.getAllTasks(function(docs) {console.log(docs)}); // now this will execute, and when the Task.find().lean().exec(function (err, docs){...} ends it will call the console.log instruction
    res.json({msg:"Hej, this is a test"}); // this will be executed BEFORE getAllTasks() ends ;P (because getAllTasks() is asynchronous and will take time to complete)
});