Parece que o
MongooseArray#pull O método só funciona se seus elementos tiverem _id propriedades. Acho mais fácil usar chamadas diretas para
update para evitar este tipo de surpresas:mongoose.model('organization').update(
{_id: user.organization},
{$pull: {members: {user: user._id}}},
function(err, numAffected) { ... }
);
