Como você está tentando ler do secundário no nível do banco de dados. Você deve especificar readPreferences "secondaryPreferred" na URL de conexão para seu conjunto de réplicas.
Você pode consultar este documento que descreve em detalhes como fazer isso.
Preferências de leitura com o driver MongoDB Node.JS
var MongoClient = require('mongodb').MongoClient
, format = require('util').format;
var url = format("mongodb://%s,%s,%s/%s?replicaSet=%s&readPreference=%s"
, "localhost:27017",
, "localhost:27018"
, "localhost:27019"
, "exampleDb"
, "foo"
, "secondaryPreferred");
MongoClient.connect(url, function(err db) {
if(!err) {
console.log("We are connected");
}
});