Multilocação baseada em coleção no spring data mongo

Você pode estender MappingMongoEntityInformation para substituir getCollectionName(). As operações do repositório chamam getCollectionName() em cada operação. Estou assumindo que o tenantId seria um ThreadLocal

public class TenantThreadLocal extends ThreadLocal<String> {
    private final static TenantThreadLocal instance = new TenantThreadLocal();

    public static TenantThreadLocal instance() {
        return instance;
    }
}

E a classe substituída com os construtores foi omitida.

public class TenantMappingMongoEntityInformation<T, ID extends java.io.Serializable>  extends MappingMongoEntityInformation<T, ID> {

    @Override
    public String getCollectionName() {
        return TenantThreadLocal.instance().get() + super.getCollectionName();
    }
}

Em seguida, crie seu repositório:

MongoPersistentEntity<YourObject> persistentEntity = 
    (MongoPersistentEntity<YourObject>) 
    mongoOperations.getConverter()
    .getMappingContext()
    .getPersistentEntity(YourObject.class);

MongoEntityInformation<YourObject, ObjectId> mongoEntityInformation =
    new MappingMongoEntityInformation<YourObject, ObjectId>(persistentEntity);

CrudRepository<YourObject, ObjectId> repository =
    new SimpleMongoRepository<YourObject, ObjectId>(mongoEntityInformation, mongoOperations);