Só para minha curiosidade, você pode fazer
npm install mongoose
e também postar a saída de
ps -ef | grep mongod
Tudo na máquina em que você está executando o nó. Isso seria um longo caminho para o resto de uma resposta.
Siga também o código de amostra simples logo após aqui , substitua o nome do banco de dados e um nome de coleção e execute isso no nó
node sample.js
Edite sua postagem para incluir mais informações. Tudo vai ajudar.