O driver C# tem um pool de conexões e o tamanho máximo do pool de conexões é 100 por padrão. Portanto, você nunca deve ver mais de 100 conexões com o mongod de um único processo de cliente C#. A versão 1.1 do driver C# teve um problema ocasional sob carga pesada, onde um erro em uma conexão poderia resultar em uma tempestade de desconexões e conexões. Você seria capaz de saber se isso estava acontecendo com você observando os logs do servidor, onde uma entrada de log é gravada toda vez que uma conexão é aberta ou fechada. Se sim, você pode tentar o driver 1.2 C# que foi lançado esta semana?
Você não deveria precisar criar uma fila de atualizações pendentes. O pool de conexões atua como uma fila de tipos, limitando o número de solicitações simultâneas.
Deixe-me saber se você pode encontrar alguma coisa nos logs do servidor, e se houver mais alguma coisa em que eu possa ajudá-lo.