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Node.js MongoDB Find com projeção para excluir _id ainda o retorna


Para limitar os campos, você deve usar fields opção (não sei sobre novas atualizações):
dbase.collection("customers").find({}, {
    fields: { _id: 0 }
}).toArray(function(err, result) {
    if (err) throw err;
    console.log(result);
    db.close();
});

ATUALIZAR:

Para a versão> 3 você tem que usar projection opção em vez disso:
dbase.collection("customers").find({}, {
    projection:{ _id: 0 }
}).toArray(function(err, result) {
    if (err) throw err;
    console.log(result);
    db.close();
});