Bem, a única maneira que você poderia ter construído isso é como:
content = {};
content["Parent"] = {}
content["Parent"]["key2"] = 1
content["Parent"]["key 3"] = 1
db.coll_name.insert(content)
Mas você parece estar perdendo que não há nada de errado em fazer isso:
db.coll_name.find({ "Parent.key 3": 1} )
Ou em projeção
db.coll_name.find({}, { "Parent.key 3": 1 })
É "notação de ponto" e não notação de objeto, e contanto que você cite os nomes das chaves (o que é obrigatório para a notação de ponto), tudo bem e você pode ter um espaço lá.
