Se você não se importa com a atomicidade, pode fazê-lo com
save :doc = db.myCollection.findOne({"_id": 123});
for (k in doc.field_to_prune) {
if (k === 'keep_field_1') continue;
if (k === 'keep_field_2') continue;
delete doc.field_to_prune[k];
}
db.myCollection.save(doc);
O principal problema desta solução é que ela não é atômica. Portanto, qualquer atualização para
doc entre findOne e save será perdido. A alternativa é realmente
unset todos os campos indesejados em vez de salvar o doc :doc = db.myCollection.findOne({"_id": 123});
unset = {};
for (k in doc.field_to_prune) {
if (k === 'keep_field_1') continue;
if (k === 'keep_field_2') continue;
unset['field_to_prune.'+k] = 1;
}
db.myCollection.update({_id: doc._id}, {$unset: unset});
Esta solução é muito melhor porque o mongo executa
update atomicamente, então nenhuma atualização será perdida. E você não precisa de outra coleção para fazer o que quiser. 
