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Como faço para definir um tempo limite em uma consulta do Mongoose?


Você pode fazer isso com o Query#maxTime método.

Então, no seu caso, você chamaria assim:
MySet.find({}).maxTime(10000).exec(function(err, doc) { ... });

Você pode confirmar que está configurando corretamente o maxTimeMS opção habilitando a depuração do Mongoose via mongoose.set('debug', true); e então você verá a saída do console para esta consulta que se parece com:
Mongoose: myset.find({}) { maxTimeMS: 10000, safe: true, fields: {} }