Eu tinha exatamente o mesmo problema. Eu estava abrindo um arquivo CSV no Excel para massageá-lo e salvá-lo novamente. Ao tentar importá-lo para o Mongo usando o comando "mongoimport", estava recebendo a mesma mensagem de erro de que tinha valores idênticos. Verifiquei os títulos das colunas várias vezes para ter certeza de que não havia valores idênticos.

Eventualmente, tentei salvar novamente o arquivo do Excel usando a opção "Windows Comma Separated (.csv)" no menu suspenso Format em vez do padrão "Comma Separated Values ​​(.csv)" encontrado na seção "Common Format".

Funcionou perfeitamente.