Tente corrigir a versão do pacote:
[DoctrineMongoDBBundle]
git=https://github.com/symfony/DoctrineMongoDBBundle.git
target=/bundles/Symfony/Bundle/DoctrineMongoDBBundle
version=v2.0.0
E lembre-se de sempre usar
bin/vendors install — não bin/vendors update . A menos que você esteja desenvolvendo o próprio Symfony, é claro. 
