Eu li a ajuda para o comando start cmd e consegui executá-lo em uma janela nomeada separada:
"scripts": {
"db": "start \"ToDo MongoDB instance\" /D \"C:/Program Files/MongoDB/Server/4.0/bin/\" mongod.exe --dbpath=\"C:/GIT/NodeJS/todo/db\""
},
"scripts": {
"db": "start \"ToDo MongoDB instance\" /D \"C:/Program Files/MongoDB/Server/4.0/bin/\" mongod.exe --dbpath=\"C:/GIT/NodeJS/todo/db\""
},