Eu acredito que o que você está procurando é
$setOnInsert para subdocument1 . Então, algo como deve funcionar para você. Query query = Query.query(Criteria.where("_id").is("some_id"));
Update update = Update.update("_id", "some_id")
.set("field1", "value1")
.set("field2", "value2")
.set("subdocument2", subdocumentObject2)
.setOnInsert("subdocument1", subdocumentObject1);
Mais aqui https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operador/atualização/setOnInsert/
