Se eu estou entendendo bem a pergunta, o que você está tentando chegar é
totals of all DISTINCT users_id under a day
Ou como eu entendo:contagem de user_ids únicos por dia.
Para isso, você pode pegar o grupo que você já tem e cortar a contagem para que você tenha apenas um
_id.user_id
exclusivo e _id.day
valor:'$group' => array(
'_id' => array(
'user_id' => '$user_id',
'day' => '$day'
)
)
Em seguida, canalize isso para outro
$group
declaração que conta o número de documentos por dia, pois há exatamente um para cada user_id
exclusivo /day
combinação:'$group' => array(
'_id' => '$_id.day',
'count' => array('$sum' => 1)
)