Descobri isso.
Essencialmente, você precisa construir um objeto 'placeholder' do subdocumento que está tentando atualizar antes de executar a consulta, assim:
var projectID = 'JKS78678923SDFD678';
var key = 'Three';
var value = 'Three';
var placeholder = {};
placeholder['options.' + key] = value;
Teams.findAndModify({
query: {
projectID:mongojs.ObjectId(projectID)
},
update: {
$set : placeholder
},
upsert: true,
multi: false,
new: true
},
function(error, result, lastErrorObject){
console.log(result);
});
Isso atualiza todos os campos que já existem e cria o par campo/valor se ainda não existir.