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Como $ definir dinamicamente um campo de subdocumento no mongodb?


Descobri isso.

Essencialmente, você precisa construir um objeto 'placeholder' do subdocumento que está tentando atualizar antes de executar a consulta, assim:
var projectID = 'JKS78678923SDFD678';

var key = 'Three';
var value = 'Three';

var placeholder = {};
placeholder['options.' + key] = value;

Teams.findAndModify({
    query: {
        projectID:mongojs.ObjectId(projectID)
    },
    update: {
        $set : placeholder
    },
    upsert: true,
    multi: false,
    new: true
},
function(error, result, lastErrorObject){

    console.log(result);

});

Isso atualiza todos os campos que já existem e cria o par campo/valor se ainda não existir.