Adicionar as seguintes linhas antes da saída 0 no arquivo /etc/rc.local com privilégios de root fez a mágica. Reiniciou o sistema operacional após salvar o arquivo. Em seguida, os avisos desapareceram no shell do mongo.
Fonte:documentação do MongoDB(http ://docs.mongodb.org/manual/reference/transparent-huge-pages/#transparent-huge-pages-thp-settings )
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag; then
echo 0 > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag
fi
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag; then
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag
fi
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled; then
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
fi
