Você precisa fornecer campos recuperados como o segundo parâmetro do método findOne
BasicDBObject retrievedField = new BasicDBObject();
retrievedField.put("_id",0);
dbcoll.findOne(query, retrievedField);
Além disso, se você quiser recuperar a consulta exata que você mostrou, acho que você precisa anexar o objeto elemMatch a retrievedFields em vez de adicioná-lo a queryObject.
BasicDBObject eleMatch = new BasicDBObject();
eleMatch.put("cityName","A");
BasicDBObject up = new BasicDBObject();
up.put("$elemMatch",eleMatch);
retrievedField.append(up);
BasicDBObject query = new BasicDBObject();
query.put("name","abc");
DBCollection dbcoll = mongoTemplate.getCollection("sample");
DBObject object = dbcoll.findOne(query, retrievedField);