Vejo que esta pergunta é antiga, mas para quem estiver interessado, uma pergunta semelhante foi feita e uma resposta parece viável https://stackoverflow.com/a/30830429/132610
Conversation : {
id: 123,
members: [ user_id1, user_id2 ]
}
Message { conversationId: 123, author: user_2, body: 'Hi what's up' }
Message { conversationId: 123, author: user_1, body: 'Whanna ask some question on stackoverflow' }
Atualização nº 1
1) Escalabilidade:MongoDB escala bem com uma coleção muito grande. Bilhões de mensagens por coleção. Existe uma técnica chamada fragmentação que permite dividir uma coleção maior em vários nós.
2) Leitura. Como o MongoDB possui mecanismos de indexação, as leituras são comparáveis a qualquer mecanismo de banco de dados ajustado. Portanto, a leitura não será um problema. Especialmente, quando uma conversa (grupo|sala) tem menos participantes, por exemplo, duas pessoas trocando mensagens.
