Encontrei um truque para fazê-lo.
const files = req.files;
const images = map(files, (file:any)=>{
const bufferData = (file as Express.Multer.File).buffer;
return bufferData;
})
Essas 'imagens' agora são uma matriz do tipo Buffer, que você pode armazenar no banco de dados mongoDB como arquivos binários.