Calculando a média em Mongoose

Você não pode fazer referência a $Comments.Rating porque os comentários estão em uma coleção separada e os documentos do produto contêm apenas uma referência a eles.

Então, em vez disso, você precisa emular uma junção usando algumas etapas:

// 1. Get the product's Comments array of comment ids.
Product.findOne(id, 'Comments', function(err, product) {
    // 2. Filter Comments to just those in product.Comments and average the Rating
    Comments.aggregate([
        {$match: {_id: {$in: product.Comments}}},
        {$group: {_id: product._id, average: {$avg: '$Rating'}}}
    ], function (err, result) {...});
});