Acredito que você esteja se referindo a um índice clusterizado , não um índice primário.

O MongoDB 2.0 não possui um recurso de índice clusterizado, portanto, um índice regular na data seria sua opção mais eficiente para recuperar.

Provavelmente é uma otimização prematura pensar na ordem física no disco com o MongoDB. O MongoDB usa arquivos mapeados em memória, portanto, dependendo do seu conjunto de trabalho + consultas + RAM, talvez você não precise carregar dados do disco com a frequência esperada.